A la hora de preparar el hábitat para nuestras ratas, es muy importante elegir un buen sustrato (tanto si lo vamos a utilizar en toda la base de la jaula como si sólo lo utilizaremos en los esquineros) ya que hay productos que pueden causarles molestias en las patas, alergias, problemas respiratorios o incluso la muerte.
En el mercado podemos encontrar los siguientes sustratos aptos para la jaula de las ratas:
Serrín: viruta de madera. Suele desprender bastante polvo (aunque existe sin polvo, a un precio más elevado). Es fácil de encontrar en tiendas de animales. Debemos evitar usar serrín de carpintería pues puede contener barnices tóxicos para las ratas. (Aunque la mayoría de la gente no lo recomienda).
Pellets: materiales naturales (maíz o madera) prensados. No desprenden mucho polvo y absorben bastante bien. El precio varía según la marca que elijamos. No es recomendable usar pellets en toda la base de la jaula ya que al ser duros, les producirán molestias en las patas.
Viruta de maíz: este sustrato no desprende nada de polvo y es muy absorbente. Es bastante caro y difícil de encontrar en tiendas físicas. Este sustrato es recomendado para ratas alérgicas.
Productos a base de papel: es un sustrato que no desprende polvo y que no absorbe muy bien. Debe ser cambiado diariamente ya que al no absorber bien, tiende a oler mal más pronto.
Papel de periódico troceado: no absorbe mucho y por eso debe ser cambiado a menudo. Además puede resultar tóxico si las ratas ingieren la tinta que contiene el papel.
Cartón o papel de cocina: al igual que los dos sustratos anteriores debe ser cambiado frecuentemente al no ser muy absorbente y a la larga resulta caro, debido a la cantidad que hay que utilizar.
Nunca debemos utilizar productos de pino o de cedro, pues contienen fenoles (alcoholes aromáticos) que son muy tóxicos para las ratas. Tampoco es aconsejable utilizar arena de gato, pues contiene mucho polvo que puede crearles problemas respiratorios a las ratas y además podrían tragar alguna piedrecita accidentalmente y asfixiarse.